未知的转折

结局：Bad Ending

条件：挑战拉沃斯失败即可。

拉沃斯降临大地，将世界推向毁灭的深渊。

BUT...THE FUTURE REFUSED TO CHANGE

（…未来拒绝改变）

结局一：时空的回响

条件：复活克罗诺后，击败拉沃斯。

动画：故事场景重现，千年祭的钟声敲响，士兵唤醒克罗诺，告知他的缓刑已被撤销，在城堡中，克罗诺见到国王与公主，国王将胜利的荣耀归功于卢卡，并与各时代的人物相遇，包括玛尔的祖先和后代，众人一同参加了千年纪最后一晚的月光巡游。

在时空门关闭前，大家各自回到自己的时代，告别之际，国王更换了广场的钟，后续情节多变。

结局一变化一：翼之飞翔

条件：驾驶带翅膀的时之翼抵达拉沃斯的内核。

动画：主角驾驶时之翼撞破拉沃斯的外壳，时空门关闭，主角无法再进行时空旅行，克罗诺和玛尔协助国王更换钟后，主角带着玛尔飞向夜空。

结局一变化二：猫的指引

条件：除时之翼外，以其他方式抵达拉沃斯内核。

动画：时空门关闭前的一秒，克罗诺家的猫突然跑进时空门，克罗诺的母亲呼唤着猫，克罗诺立刻驾驶时之翼去追，途中可见各时代的生活场景。

其他不影响结局的细节包括：

◆ 赢得克罗诺人偶后，广场上会出现变化。

◆ 克罗诺见到国王时，国王身边的人若是皮埃尔，则大臣会站在旁边；若救出大臣，大臣也会站立。

◆ 若救下拉拉，她会站起来。

◆ 若魔王成为同伴，他将在结尾出现；否则，青蛙将在自己时代恢复人类外貌。

◆ 猫的数量与家中数量一致。

结局二：重逢的曙光

条件：克罗诺复活前。

动画：所有人被时之贤者唤醒后，得知拉沃斯的力量已被消灭，时空门即将关闭，玛尔急于救回克罗诺，但青蛙、机器人、艾玛等人想回自己的年代，速度之快以至于时之贤者没有机会告诉他们时之卵的位置。（若之前已获得时之卵，则会丢弃）

玛尔参加月光巡游，与卢卡回忆过去的冒险，卢卡若有所思地说，她原本以为时空门是源于拉沃斯的力量，但现在她觉得这个想法错了，或许有其他类似的存在，给了我们机会窥见其他时代，若拥有时之翼，卢卡建议摧毁它。

突然，半空出现时空门，机器人、艾玛、青蛙、时之贤者从门中跌落，他们告诉玛尔时之卵可以救回克罗诺，但时之贤者逃跑了，众人追逐时之贤者，卢卡和玛尔乘坐时之翼穿越各个时代，玛尔在死山树下等待，太阳升起时，一个熟悉的身影在空中显现，她奔跑过去。

结局三：梦想的编织者

条件：在600年前，在右侧的传送机（游戏最初单挑或携带玛尔）或在海底神殿击败拉沃斯。

动画：这是一项极具挑战的成就，在时之界与所有开发人员对话，可以见到三大神（鸟山明、掘井雄二和坂口博信）。

结局四：加尔迪亚的传承者

条件：从600年前返回后，在返回城堡前，在右侧的传送机击败拉沃斯。

动画：回到千年纪会场，玛尔受到人们的异样目光，大家都认为她穿着奇异的服装，回到城堡后，国王说她又伪装成人类的样子，原来城堡里所有人都是半人半青蛙的生物，玛尔也是，公主突然开始青蛙跳和青蛙叫，原来救出丽妃后，青蛙和琳娜公主结婚了，最后场景是青蛙和丽妃在教堂举行婚礼，可以看到青蛙的“呱呱吻”。

结局五：宁静的午后

条件：抵达时之终点后，回到600年前。

动画：青蛙、白鸡、努搞笑互动，努想睡觉，青蛙一直打扰它。

结局六：勇者的传说

条件：在得知传说中的勇者之前，从塔塔获得勇者勋章之前。

动画：这个结局以2300年的画面重绘了游戏开始时克罗诺撞玛尔的一幕，在未来，机器人女友撞倒机器人，捡起机器人的项链，两人最后坐在山顶上眺望远方。

故事回到1700年前，塔塔独自前往南方大陆，准备与魔王决斗，不知通过何种手段，他抵达了魔王殿深处，高喊“决斗吧，魔王”，却发现王座上是克罗诺，玛尔和卢卡从王座背后走出，举起武器，克罗诺站在中间大笑。

结局七：尘封的往事

条件：从塔塔获得勇者勋章后，史前聚会前。

动画：展示了战胜拉沃斯后，每个人回到各自时代后的事情。

1000年：离开时空门

史前：人与恐龙人的战争

600年：魔王站在海角看大海，最终走向三魔将

600年：召集军队与魔王决战

23000年：机器人奔跑

结局八：幕后的身影

条件：拿回时空门钥匙后，青蛙加入前。

动画：按照时间线展示人物。

结局九：誓约的见证

条件：青蛙回归后，在战胜魔王前。

动画：战胜后，众人在卢卡家休息，但青蛙没有忘记自己的使命，他独自前往魔王城，击败三大魔将后，与魔王展开了一场生死之战，最终结果如何？

结局十：恐龙的时代

条件：在打败魔王后，在打败帝兰城恐龙王之前。

动画：千年祭会场变成了恐龙人的国度，主角作为恐龙人，像游戏开始一样起床，下楼与妈妈交谈，然后去会场玩耍，并遇到了恐龙公主。

结局十一：预言家的追求

条件：在摧毁帝兰城后，姐姐进入封印门之前，或者在被逐出古代文明后，在海底神殿之前。

动画：青蛙去找魔王单挑，只看到魔王的雕像，其他人回到1000AD娱乐，那可恶的喝酒比赛被艾玛完爆，魔王前往海底神殿，魔王经典语录：

如果历史要改变，就让它改变吧！

如果世界要毁灭，就让它毁灭吧！

如果我注定要消失...

这也不错！

结局十二：反思的聚会

条件：在姐姐进入封印门之后，项链充能之前。

动画：玛尔和卢卡两位少女对游戏中登场的男性角色进行一番评论，非常有趣，甚至克罗诺也首次开口了。

结局十三：梦的终结

条件：一次性通关后，打完三个时空扭曲点回到时之终点击败食梦者。

动画：姐姐表示这个世界没有人能制服食梦者，连她自己也会慢慢被吞噬，她告诉魔王不要再去尝试救她，并将魔王放逐到1020AD，魔王灰心丧气时，为了获得新生，封印了所有记忆，只记得心底有个东西要争取，结束后，可以获得主角的最强武器梦幻。